Ve stejném znění zůstává návrh zkrácení lhůty pro uplatnění odpočtu DPH ze 3 let na 2 roky (počítány budou od konce kalendářního roku, kdy mohl být odpočet poprvé uplatněn), avšak k menší pozitivní změně pro plátce došlo v případě návrhu zkrácení nároku na odpočet na základě vrubopisu na pouhých 12 měsíců. Vláda v předloženém návrhu tuto změnu přehodnotila, a nakonec budou moci plátci DPH uplatnit nárok na odpočet na základě vrubopisu po dobu 2 let od uskutečnění opravy základu daně. Uvedená změna se ale stále nebude vztahovat na přijatá plnění, u kterých má plátce přiznat daň (tzv. reverse-charge). Změny v novele DPH se také nedotkly nové lhůty pro opravu základu daně, která bude navýšena až na 7 let od původního plnění.

Další avizovanou změnou, která zůstane zachována v původní podobě, bude přenos důkazního břemene na plátce u ručení za DPH, ačkoliv tento bod novely byl terčem kritiky. Stejně tak vláda nepřehodnotila povinnost příjemce plnění vrátit nárok na odpočet, a tak stále platí, že od 1. ledna příštího roku bude muset plátce DPH provést opravu a snížení odpočtu daně u neuhrazeného závazku, který bude 6 měsíců po splatnosti, a to buď v plné nebo částečné výši dle skutečné úhrady.

U plnění poskytovaných zaměstnancům či osobám blízkým za symbolickou cenu bude základem daně cena obvyklá. Toto ustanovení novely DPH o „dodaňování“ slev, poskytovaných zaměstnancům či osobám blízkým, bude omezeno pouze na dodání nemovitostí.

Co se týče úprav v oblasti nemovitostí a stavebních prací ve vztahu k DPH, došlo zatím pouze k dílčím úpravám například u pravidel pro zdanění nově postavené nebo významně zrekonstruované stavby. Nadále se tak počítá s posuzováním použití snížené sazby u staveb pro sociální bydlení podle zápisu v katastru nemovitostí či snížením limitu pro podstatnou změnu stavby na 30 % z původních 50 %. U většiny změn v této oblasti se však posouvá předpokládané nabytí účinnosti těchto úprav na 1. července 2025.

Plánované zrušení osvobození finančních služeb, které jsou v rozporu s unijním právem (např. vedení evidence investičních nástrojů, vypořádání obchodů s investičními nástroji, výplata dávek důchodového pojištění, vybírání rozhlasových nebo televizních poplatků…), bude odloženo až na rok 2026. Toto odložení se však nebude týkat obhospodařování individuálních portfolií, a tak bude tato finanční služba podléhat DPH již od 1. ledna 2025.

Mezi další úpravy novely zákona o DPH, patří např. plánované zakotvení přísnějších pravidel pro třístranné obchody (§ 17 ZDPH), osvobození dodání nekomerčních letáků od DPH, zvýšení maximálního obratu pro čtvrtletní podávání přiznání k DPH na 15 mil. Kč či dojde k dalším změnám ve vymezení zdravotnických prostředků a jejich příslušenství pro uplatnění snížené 12% sazby daně.